此时朝鲜在位的国君,就是推翻了亲清派光海君的李倧。他对明朝更为亲近,可也因此遭致了丁卯胡乱和丙子胡乱两次蹂躏,李倧被迫在崇祯十年向清朝皇帝皇太极行三跪九叩之礼,并接受清朝册封为朝鲜国王,使朝鲜的宗主国从明朝变成清朝。
他反正之初,曾经斥责朝鲜上一任国君光海君忘恩背德,私通后金,并标榜要同明朝“协力讨虏”,但在实际上仍然采取对后金的不刺激政策,倒也相安无事数年。
皇太极成为新任后金汗后,情况发生变化,首先皇太极一向就是后金内部的对朝强硬论者,再加上他继位后内部不稳,又发生饥荒,需要发动一场对朝战争来转移和缓解矛盾。
于是在天启七年正月,皇太极派二贝勒阿敏率军进攻朝鲜,同时成为进攻对象的还有东江镇的毛文龙,这便是“丁卯胡乱”。
因为当时的后金兵无法渡海,所以只攻陷了毛文龙在陆上的据点铁山,对在岛上的毛文龙无可奈何;而对朝鲜则势如破竹,从义州、安州、平壤一直打到黄海道的平山,李倧率仁穆大妃和群臣避难于江华岛,同时命昭显世子分朝于全州。
不过皇太极当时的意图,并不是要占领朝鲜全境,而是急于迫使朝鲜屈服后撤军,所以两国在短暂交战后展开了外交交涉,三月初三在江华岛达成盟约,双方结为兄弟之国,阿敏撤军时又擅自在平壤与朝鲜人质原昌君李玖另立一约,规定朝鲜向后金输岁币。
不久,后金又要求朝鲜开市中江,与之贸易,朝鲜对这些要求无法拒绝,被迫一一答应。
不过,朝鲜与明朝的宗藩关系尚未因此断绝。
朝鲜继续在明朝和后金政权之间保持暧昧,暗中协助明朝在关外的军事行动。
崇祯八年皇太极征服蒙古察哈尔部,以获得传国玺为借口欲称皇帝,朝鲜自然不肯就范。次年二月,皇太极派英俄尔岱等人来朝鲜,借春信、吊祭为名,劝朝鲜请皇太极进帝号,遭到朝鲜方面坚决拒绝。
以此事为导火索,朝鲜国王李倧晓谕朝鲜八道,痛斥后金僭号企图,命令官民做好抵抗后金的准备。
也是在这一年的四月十一日,皇太极即皇帝位于盛京,改国号为大清,朝鲜春信使罗德宪、回答使李廓虽然被强迫参加贺礼,却拒绝三跪九叩,被皇太极遣返回国,清朝与朝鲜的紧张关系骤然升级。
在随后的几个月时间里,朝鲜分化为金尚宪为首的斥和派与崔鸣吉为首的主和派,斥和派占朝鲜士大夫的绝大多数,但朝鲜国王李倧内心偏向主和派,所以在十月向清朝派遣译官送去国书,委婉地向清朝表达恳求和谈之意,却遭到皇太极拒绝,战争遂不可避免。
丙子胡乱的战事,由于由于朝鲜同清朝实力悬殊加上金自点等将帅的无能,清军不费吹灰之力就逼近汉城,十二月十四日,朝鲜国王李倧安排王世子、大君、宫中女眷、大臣家眷等先到江华岛避难,自己稍后出发。
此时清兵先锋已经追到汉城近郊,而到江华岛还需要两天,朝鲜君臣担心途中被清兵俘虏,所以选择就近逃到南汉山城。
这就是李来亨那个世界中,曾被拍过电影的南汉山城之围了。
朝鲜八道的勤王军被皇太极轻易击溃以后,南汉山城守军几次出击,也都惨败而归,从此只能龟缩不出。
清军主力悉数抵达,把南汉山城围得水泄不通。朝鲜君臣绝望之下,只能同清军议和,接受了清朝提出的断绝对明关系、向清朝称臣纳贡的盟约。
李倧本人也在风雪之中,穿着蓝染衣,骑着白马,率世子及50多名随从官员出南汉山城西门,在汉江南岸的三田渡向皇太极行三跪九叩之礼,然后改换穿皇太极所赐的貂裘谢恩。
丙子胡乱后,清军撤军,带走了作为人质的昭显世子、凤林大君与约五十万万朝鲜俘虏回国。力主斥和的洪翼汉、吴达济、尹集三学士也被带到盛京处死。
此后朝鲜不仅向清朝称臣纳贡,还被迫出兵帮助清朝攻打明朝,发兵参与了皮岛、松锦的相关作战。
朝鲜国王李倧在此后尽可能顺从皇太极之意,对耻于向满清称臣的大臣则深恶痛绝。他认为所受之辱都是斥和派造成的,直斥斥和派“误国”,又说:“此辈以国之存亡置之度外,谋占美名,党同伐异,竟使宗国覆没,甚可恶也!”
与之相应的是重用主和派和亲清派,他在丙子胡乱后拜崔鸣吉为领议政,崔鸣吉因私通明朝被清朝抓走后又起用金自点。
但是李倧政权的合法性也在两次胡乱后面临严重危机,由于李倧反正、推翻亲清派光海君政权本身的名义就是亲明排金,因此他向满清屈膝自然使人们倍感失望。
丙子胡乱以后,朝鲜掀起了辞职和隐退的风潮,亲明士人也都对朝鲜王室倍感失望。
另一方面的表现就是自丁卯胡乱后,叛乱阴谋层出不穷,天启七年李仁居起兵江原道、崇祯元年柳孝立等欲立仁城君、崇祯五年柳应泂谋逆、崇祯六年李时说欲立锦原令李倬、崇祯八年李基安谋逆、崇德四年贞明